地方税分野においても、平成28年1月1日以降に提出される申告書等から、原則として個人番号・法人番号の記載が開始されます。
ただし、本人へ交付される税務関係書類（給与所得に係る特別徴収税額の決定/変更通知（納税義務者用）等）については、個人番号を当面記載しない取扱いとなっています。
これは国税分野及び社会保障分野における番号の利用方法との整合性等を勘案した取扱いです。

地方税分野における個人番号・法人番号の主な取扱いは下記のとおりです。

1. 平成28年1月1日以降に提出される申告書等について、個人番号・法人番号の記載を開始します。
2. 納税通知書には、個人番号・法人番号を当面記載しません。
3. 給与所得に係る特別徴収税額決定通知書（納税義務者用）には、個人番号は当面記載せず、法人番号は記載しません。
4. 公的年金等に係る特別徴収税額決定通知書（納税義務者用）には、個人番号は当面記載せず、法人番号は記載します。
5. 給与所得に係る特別徴収税額決定通知書（特別徴収義務者用）及び公的年金等に係る特別徴収税額決定通知書（年金保険者用）には、個人番号・法人番号を記載します。
6. 更正・決定通知書には、個人番号・法人番号を記載しません。
7. 納付書・納入書には、個人番号・法人番号を原則として記載しません。
8. その他、個人住民税における給与支払報告書の提出など、特別徴収義務者においては、平成28年分の所得に対する手続から必要な個人番号・法人番号を記載します。

平成28年1月以後に提出する扶養控除等申告書には、従業員本人、控除対象配偶者及び控除対象扶養親族等の個人番号を原則として記載する必要があります。
しかし、給与支払者と従業員との間で合意があり、従業員が扶養控除等申告書の余白に「個人番号については給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨を記載した上で、給与支払者が既に提供を受けている従業員等の個人番号を確認し、確認した旨を扶養控除等申告書に表示するのであれば、扶養控除等申告書の提出時に従業員等の個人番号の記載をしないことも容認されています。

この場合、給与支払者が保有している個人番号と、個人番号の記載が省略された者に係る個人番号について、対応関係が容易にわかるように適切に管理しておく必要があります。

なお、「給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨が記載された申告書について、税務署長から提出を求められた場合には、給与支払者は扶養控除等申告書に従業員等の個人番号を付記して提出する必要があります。

また、この方法をとった場合には以下の点に留意が必要です。
1.給与支払者が保有する従業員等の個人番号については、扶養控除等申告書の保存期間（7年間）は、廃棄又は削除することはできません。
2.保有する個人番号については、個人番号関係事務に必要がなくなったとき及び個人番号を記載すべきであった扶養控除等申告書の保存期間を経過したときには、速やかに廃棄又は削除しなければなりません。
3.税務署提出用の給与所得の源泉徴収票には、適切に個人番号を記載する必要があります。

平成28年1月よりマイナンバー制度が開始されるのに伴い、平成28年分の「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」（以下扶養控除等申告書とします）に、個人番号を記載する欄が新たに設けられています。 この扶養控除等申告書には、扶養控除を受ける本人の個人番号と控除対象扶養親族の個人番号を記載することが必要とされています。

年末調整のため、平成27年分の「給与所得者の保険料控除申告書兼給与所得者の配偶者特別控除申告書」を従業員等に提出してもらう時に、平成28年分の扶養控除等申告書も一緒に提出してもらう会社等も多いと思います。
この場合、従業員等に平成28年分の扶養控除等申告書に個人番号を記載してもらってもよいのかという疑問が出てくると思います。

平成28年分の扶養控除等申告書を、平成27年中に会社等に提出する場合、その申告書に従業員本人、控除対象配偶者、控除対象扶養親族等の個人番号を記載する義務はありません。ただし、平成28年分の給与所得の源泉徴収票（税務署提出用）に記載するために、従業員等に個人番号の記載を求めても差し支えないとされています。

なお、平成27年中に従業員等から会社へ提出された扶養控除等申告書に、個人番号の記載がない場合は、平成28年分の源泉徴収票（税務署提出用）には、従業員の個人番号の記載が必要となりますので、源泉徴収票を作成するまでに、別途従業員等から個人番号の提供を受ける必要があります。

平成27年10月2日に所得税法施行規則等の改正が行われました。
その結果、行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（「番号法」）施行後の平成28年１月以降も「給与などの支払を受ける方に交付する」源泉徴収票などへの個人番号の記載は行わないこととされました。

個人番号が記載不要となる税務関係書類は、給与所得の源泉徴収票・退職所得の源泉徴収票・公的年金等の源泉徴収票などです。

なお、「税務署に提出する」源泉徴収票などには個人番号の記載が必要となりますのでご注意ください。

所得税法施行規則等の改正前は、支払を受ける方に対して交付する源泉徴収票などについて、本人等の個人番号を記載して交付しなければならないこととされていました。

しかし、本人交付が義務付けられている源泉徴収票などに個人番号を記載することにより、その交付の際に個人情報の漏えい又は滅失等の防止のための措置を講ずる必要が生じ、従来よりもコストを要することになることや、郵便事故等による情報流出のリスクが高まるといった声に配慮して改正が行われることになりました。

詳細につきましては、こちら（国税庁のウェブサイト））をご覧ください。