平成28年1月以後に提出する扶養控除等申告書には、従業員本人、控除対象配偶者及び控除対象扶養親族等の個人番号を原則として記載する必要があります。
しかし、給与支払者と従業員との間で合意があり、従業員が扶養控除等申告書の余白に「個人番号については給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨を記載した上で、給与支払者が既に提供を受けている従業員等の個人番号を確認し、確認した旨を扶養控除等申告書に表示するのであれば、扶養控除等申告書の提出時に従業員等の個人番号の記載をしないことも容認されています。
この場合、給与支払者が保有している個人番号と、個人番号の記載が省略された者に係る個人番号について、対応関係が容易にわかるように適切に管理しておく必要があります。
なお、「給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨が記載された申告書について、税務署長から提出を求められた場合には、給与支払者は扶養控除等申告書に従業員等の個人番号を付記して提出する必要があります。
また、この方法をとった場合には以下の点に留意が必要です。
1.給与支払者が保有する従業員等の個人番号については、扶養控除等申告書の保存期間（7年間）は、廃棄又は削除することはできません。
2.保有する個人番号については、個人番号関係事務に必要がなくなったとき及び個人番号を記載すべきであった扶養控除等申告書の保存期間を経過したときには、速やかに廃棄又は削除しなければなりません。
3.税務署提出用の給与所得の源泉徴収票には、適切に個人番号を記載する必要があります。
